Rahastus

1. Genoomika ja Siirdemeditsiini Tippkeskus
Kestvus: 01.01.2016 ? 01.03.2023
Programm: Tippkeskused
Vastutav t?itja: Andres Metspalu
Eesm?rk: Genoomika ja Siirdemeditsiini tippkeskuse tegevuse eesm?rgiks on kasutada uusimaid teadusavastusi genoomikas haiguste molekulaarsete mehhanismide paremaks m?istmiseks.

2. Kiiremad ja usaldusv??rsemad meetodid genoomij?rjestuste analüüsimiseks
Kestvus: 01.01.2015 – 31.12.2020
Programm: Institutsionaalne uurimistoetus
Vastutav t?itja: Maido Remm
Eesm?rk: Projekti eesm?rk on luua genoomide analüüsi metoodika, mis oleks praegustest meetoditest oluliselt kiirem ja annaks usaldusv??rsemaid tulemusi. Teise p?lvkonna sekveneerimine (HTS) on muutunud piisavalt odavaks, et seda rakendada mitmesugustes keskkonnaproovides ja bioloogilises materjalis leiduva DNA uurimiseks. Kahjuks on aga HTS andmete analüüsi praegune metoodika aeglane ja tulemused v?ga varieeruvad. Meie pakume v?lja metoodika, mis v?imaldab HTS toorandmetest kiiresti ekstraheerida olulise info. Metoodika p?hineb huvipakkuvate k-meeride kiires identifitseerimises. Tulemusele saame anda ka statistilise olulisuse hinnangu. Peale tuumiktarkvara loomist plaanime seda esmalt rakendada liikide detekteerimisel. Kui esialgsed testid osutuvad edukateks, plaanime metoodikat kohandada ka teiste rakenduste jaoks – bakterikoosluste uuringutes, toiduallergeenide DNA detekteerimiseks, antimikroobse resistentsuse geenide detekteerimiseks, inimgenoomi variatsioonide detekteerimiseks, jm.

3. Ampitsiliini ja klindamütsiini resistentsust m??ravate geenide olemasolu tuvastamine tüves Lactobacillus brevis TAK 124-1 AerobEst? NCIMB42149
Kestvus: 01.04.2016 ? 30.09.2016
Programm: Riigisisene TA ettev?tlusleping
Vastutav t?itja: Maido Remm
Partner Piima-TAK
Eesm?rk: Ampitsiliini ja klindamütsiini resistentsust m??ravate geenide olemasolu tuvastamine tüves Lactobacillus brevis TAK 124-1 AerobEst? NCIMB42149.

4. Biotehnoloogiliste meetodite arendus toiduallergeenide seireks
Kestvus: 01.12.2012 – 31.08.2015
Programm: Biotehnoloogia teadus- ja arendustegevuse toetamine
Vastutav t?itja: Mart Ustav, T? Tehnoloogiainstituut
Partnerid: SA T? Kliinikum, Icosagen Cell Factory O?, Eesti Toiduainet??stuse Liit, Naxo O?
Eesm?rk: Allergilised haigused m?jutavad t?na ligikaudu 20% maailma rahvastikust ning allergikute arv j?tkab kasvamist. Allergilistel haigustel on t?sine negatiivne m?ju elukvaliteedile, nad n?uavad pikaajalist ravi ning on t?siseks koormaks globaalsele majandusele. Hoolimata asjaolust, et allergilised haigused s?ltuvad mitmest faktorist, just kokkupuude allergeeniga on haiguse patofüsioloogilise kaskaadi alguspunkt. Toit on lastel peamine anafülaksia p?hjustaja ning ainuüksi Ameerika ?hendriikides sureb igal aastal 150-200 last, mis t?estab toiduallergeenide j?relvalve kui elup??stmise meetme t?htsust. EUs on kohustuslik m?rgistada toote pakendile toidus kasutatavad koostisosad, v?imaldades nii tarbijatel saada p?hjalikku teavet toidu sisu ja koostise suhtes. Projekti eesm?rgiks on viia l?bi rakendusuuringud, mille tulemusena arendatakse biotehnoloogilised meetodid allergeenide kvalitatiivseks ja kvantitatiivseks m??ramiseks toidus. Antud meetodid arendatakse eelk?ige toiduallergeenidele, mis on maaratud EU konsulaadi poolt kui potentsiaalselt allergiat v?i talumatuse p?hjustajad. Lisaks arendatakse metoodikad Eesti elanikonna jaoks vastavalt selle projekti raames saadud toiduainete tundlikkuse andmetele.

5. Antibiootikumresistentsuse molekulaarne multipleks diagnostika
Kestvus: 01.11.2011 – 31.12.2014
Programm: Biotehnoloogia teadus- ja arendustegevuse toetamine
Vastutav t?itja: Siiri K?ljalg, T? Arstiteaduskond, Mikrobioloogia instituut
Partnerid: SA T? Kliinikum, SYNLAB Eesti
Eesm?rk: Projekti p?hieesm?rgiks on olulisemaid antibiootikumresistentsuse markereid h?lmava molekulaardiagnostika paneeli v?ljat??tamine, juurutamine rutiindiagnostikas (pakutava teenusena) ning patenteerimine ja eksportimine tootena. Selle saavutamiseks on projektil j?rgnevad alaeesm?rgid koos vastavate tegevustega. (1)Selgitada ravimresistentsuse epidemioloogiline olekukord Eestis/Baltikumis. Selleks kasutatakse (a) laborite/haiglate olemasolevate rutiinuuringute andmete analüüsi ja (b) suunatud epidemioloogilist uuringut koos fenotüübiliselt resistentsete tüvede kogumise ning resistentsusmehhanismide molekulaarse selgitamisega. (2) V?lja t??tada (infektsioonikontrolli ja ravi seisukohalt) olulisemate resitentsusmarkerite kompleks-diagnostika lahendus. Selleks valitakse hetkel ja potentsiaalselt olulised resistentsusmarkerite kogum, disainitakse nende m??ramiseks vajalikud praimerid ning koostatakse diagnostikapaneel (v?i paneelid) kasutades Luminex platvormi (www.luminexcorp.com). (3) Hinnata paneeli rakendatavust ning leida optimaalsed kasutusalad ja tehnilised lahendused. Selleks valideeritakse paneeli kasutades erinevaid uurimismaterjale (patsientide erinevad kliinilised proovid, mikroobide erinevate resistentsusmehhanismidega tüüptüved) hindamaks paneeli sobivust (tundlikkus, spetsiifilisus) v?rreldes klassikaliste ja olemasolevate molekulaarsete meetoditega. Vajadusel re-disainitakse ja optimeeritakse paneeli. (4) Luua valmidus v?ljat??tatud uudse diagnostika lahenduse parimaks kasutamiseks ja ekspordiks. Nimetatud eesm?rgi saavutamine h?lmab (a) diagnostikalahenduse eeliste ja kasulikkuse selgitamist Eestisiseselt ja rahvusvahelistel seminaridel, (b) patenteerimiseks vajaliku dokumentatsiooni koostamist ja patenditaotluse esitamist; (b) uuringutulemuste laialdast rahvusvahelist tutvustamist teaduslike ettekannetena konverentsidel ja teaduspublikatsioonidena rahvusvahelistes ajakirjades; ning (4) toote reklaamimist rahvusvahelisel turul.

6. Eesti ühinemine Euroopa Bioinformaatika infrastruktuuriga ELIXIR
Kestvus: 01.11.2012 – 31.08.2015
Projekt: SMTAT12017T/1
Programm: Teaduse rahvusvahelistumine
Vastutav t?itja: Jaak Vilo, T? Arvutiteaduse Instituut
Eesm?rk: Projekti eesm?rk on tagada Eesti osalus ESFRI teekaardiobjektis, bioloogiliste andmete halduse ja analüüsi taristus ELIXIR. Eesti ELIXIR-i tipu v?ljaarendamsie kaudu viiakse Eestis loodud teadustulemused rahvusvahelise taristu tasemele ELIXIR v?rgustiku osaks. Samuti tuuakse Eestile “l?hemale” kesksed teenused ja kompetents EMBL-EBI-st ja ELIXIR partnerite juurest. ELIXIR on Euroopa Bioinformaatika instituudi (EMBL-EBI) juhtimisel v?rgustunud teadusüksuste bioloogiliste andmete andmebaaside, t??riistade, arvutuskeskuste ja koolituse alane ESFRI koost??objekt. T? on Eesti suurim bioinformaatika uurimiskeskus, nii t??riistade ja oskuse looja kui ka suurtarbija. Samas on Eesti k?ik molekulaarbioloogia ja geneetikaga seotud asutused bioinformaatika teenuste tarbijad ning vajaduse trend on kasvav. Eesm?rk on liidestada Eesti ELIXIR-i v?rgustikuga. Algatus vastab Eesti strateegiale Teadmistep?hine Eesti II (biotehnoloogia ja IKT kui prioriteetsed ja eelisarendatud valdkonnad), riiklikule struktuurivahendite kasutamise strateegiale ja sellest l?htuvale Majanduskeskkonna arendamise rakenduskavale, mis samuti r?hutab l?imumist Euroopa teadusv?rgustikega ning biotehnoloogia ja IKT alaseid v?imalusi.

7. CTG – Centre of Translational Genomics
Kestvus: 2011 – 2015
Projekt: SP1GVARENG
Programm: Development Fund of the University of Tartu
Eesm?rk: The activities of the project are focused on discovering the genetic, epigenetic, transcriptomic, proteomic and metabolomic components lying behind common and complex diseases. The project will facilitate a systemic approach to the translation of genetic information from the DNA variations to the metabolic variations including also the RNA, epigenetic and proteomic levels.
www.ctg.ut.ee

8. Bioinformaatika rakendamine genoomij?rjestuste uurimiseks
Kestvus: 01.01.2009-31.12.2014
Projekt: SF0180026s09
Programm: SF 2009
Eesm?rk: K?esolev sihtfinantseerimise taotlus keskendub erinevate organismide (peamiselt inimese) genoomide DNA j?rjestuse analüüsimisele ja v?rdlemisele bioinformaatiliste ja statistiliste meetoditega. Eksperimentaalsed andmed saadakse avalikest andmebaasidest v?i koost??partneritelt. Esiteks plaanime inimese genoomis analüüsida seni v?hem uuritud varieeruvaid elemente – koopia arvu muutusi, inversioone ning integreerunud viiruste DNA fragmente. Teiseks osaleme suuremates projektides mitmesuguste inimeste omaduste ning geenide suhte selgitamisel. Selle t?? jaoks on vajalik uute bioinformaatiliste meetodite loomine, mis v?imaldaks paremini analüüsida just pidevas numbrilises skaalas v?ljendatud tunnuste (continuous traits) seost geenidega. Kolmandaks suureks alamteemaks on v?rdlev genoomika, mille abil loodame leida seni avastamata k?rgelt konserveerunud j?rjestuse elemente. Esimeseks projektiks selles valdkonnas on lühikeste regulatoorsete lugemisraamide (uORFide) otsimine bakterigenoomidest.

9. Genoomika tippkeskus
Kestvus: 01.02.2008-31.08.2013
Projekt: TK10, 3.2.0101.08-0011centre of excellence
Programm: Tippkeskus
Eesm?rk: Genoomika tippkeskuse projekti on esitanud sihtfinantseeritavad t??rühmad, mis haaravad teadlasi Tartu ?likoolist ja Eesti Biokeskusest. Need t??rühmad tegelevad inimese ja ka teiste organismide genoomide fundamentaal- ja rakendusteadusliku uurimisega. Meie p?hiliseks eesm?rgiks on saavutada l?bi otstarbeka koost?? sünergia, mis realiseerub k?rgetasemelistes publikatsioonides, intellektuaalses omandis ja ettev?tluse edendamises, rahvusvahelises koost??s ning mitmete rakenduste n?ol tervishoius, sealjuures eriti Eesti Geenivaramusse talletuva rahvusliku rikkuse v??rtustamisel.
Tegemist on paljutasandilise interdistsiplinaarse koost??ga, mis kindlapiirilist fookust kaotamata ulatub genoomse, proteoomse ja metaboloomse informatsiooni analüüsiks vajaliku tarkvara ja aparatuuri loomisest ja inimese haigusi m?jutavate geenide otsimises inimkonna geneetilise struktureerituse ajaloo selgitamiseni.

10. V?ikesemahulise teaduse infrastruktuuri kaasajastamine teadusteema SF0180026s09 raames
Kestvus: 01.01.2010-31.12.2011 ja 01.01.2013-31.12.2014
Eesm?rk: K?esoleva sihtfinantseerimise raames osteti arvutusserver genoomiuuringute andmete suuremahuliseks andmeanalüüsiks, kettaserver andmete hoiustamiseks ja kettaserveri laiendus.

11. Eesti Teadusarvutuste Infrastruktuur
Kestvus: 2011-2013
Projekt: Tartu ?likooli teadusarvutuste keskus
Programm: Riikliku t?htsusega teaduse infrastraktuuri kaasajastamine
Eesm?rk: Projekti üldiseks eesm?rgiks on t?sta Eesti teadus- ja arendustegevuse konkurentsiv?imet arvutus- ja andmemahukates teadusvaldkondades l?bi uue ja kaasaegse teadusarvutuste infrastruktuuri loomise.
http://www.hpc.ut.ee/

12. Kompleksdiagnostikaks sobivate praimerite ja hübridisatsiooniproovide disainimine
Kestvus: 15.04.2010-31.12.2012
Projekt: LLOMR 10049
Finantseerija: Quattromed HTl Laborid O?
Eesm?rk: HPV detekteerimise paneel. 42 erineva inimese papilloomiviiruse (HPV) tüve amplifitseerimise skeem minimaalse arvu universaalsete praimeritega ja 2-5 proovi tüvespetsiifilist Luminex proovi iga tüve kohta. Eelistatult kasutada E6/E7 piirkonda viies vajadusel sisse LNA v?i muid modifitseeritud nukleotiide.
Emakakaela patogeenide praimerite paneel. Suguhaigusi tekitavate bakteriaalsete ja
viiruseliste patogeenide jaoks PCR praimerite ja Luminex hübridisatsiooniproovi
disainimine. Kokku disainitakse praimeripaarid ca 14 eri liiki/tüüpi patogeenile. Iga
patogeeni kohta disainitakse testimiseks 2-5 praimerit ja 2-5 Luminex proovi. Vajadusel lisatakse praimeritesse LNA v?i muid modifitseeritud nukleotiide.
K?hulahtisuse patogeenide paneel. K?hulahtisust tekitavate bakteriaalsete ja viiruseliste patogeenide jaoks PCR praimerite ja Luminex hübridisatsiooniproovi disainimine. Kokku disainitakse praimeripaarid 20 eri liiki/tüüpi patogeenile. Iga patogeeni kohta disainitakse testimiseks 2-5 praimerit ja 2-5 Luminex proovi. Vajadusel lisatakse praimeritesse LNA v?i muid modifitseeritud nukleotiide.
?lalmainitud tegevustega ja EAS’i projektiga ?Biotehnoloogilistel platvormidel baseeruva kompleksdiagnostika arendamine rakendamiseks tervishoiusüsteemis” seotud tegevustele bioinformaatilise tugiteenuse pakkumine.

13. PCR-i praimerite ja Luminex hübridisatsiooniproovide disainimine
Kestvus: 01.01.2010-30.06.2010
Projekt: LLOMR 10018
Finantseerja: Quattromed HTl Laborid O?
Eesm?rk: Esiteks, Chlamydia trachomatis, Neisseria gonorrhoeae, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Mycoplasma genitaliumja Trichomonas vaginalis PCR-i praimerite ja Luminex hübridiastsiooniproovide disainimine. Teiseks, eelnevas punktis disainitud praimeripaaride ja hübridisatsiooniproovide ümberdisainimine arvestades LNA parameetreid.

14. Modular Education for Interdisciplinary Systems Biology
Kestvus: 01.11.2007-31.12.2009
Projekt: MBGMR07249
Programm: Leonardo

15. Applied venomics of the cone snail species Conus consors for thelogo_final_web_310807small?accelerated, cheaper, safer and more ethical production of innovative?biomedical drugs (CONCO)
Kestvus: 01.02.2007-31.01.2012
Projekt: LSHB-CT-2007-037592
Programm: FP6
Eesm?rk: CONCO is an innovative post-genomic project dedicated to the discovery and development of novel biopharmaceuticals generated by the broad biodiversity of cone snails. The project aims at characterising from the genomic up to potential therapeutic properties all putative bioactive compounds that can be synthesised by a cone snail species.
The genome and transcriptome of Conus consors will be exhaustively studied. Large amounts of venom will be fractionated and submitted to proteomic studies to generate a biochemically characterised “”natural library”" of compounds. Large scale synthesis of each identified candidate will be achieved to form a “”synthetic library”" of compounds. The biological activity of these two libraries will be investigated on a panel of physiological targets that are recognised of therapeutic value. Selected hits will be optimised and validated in vivo. A publicly accessible web-based database will be developed and annotated to integrate and share all the knowledge generated by the project.
www.conco.eu

16. Array based sequencing-by-synthesis
Kestvus: 01.09.2005-31.08.2007
Projekt: MBGMR05146R
Programm: FP6

17. DNA-DNA interaktsioonide modelleerimine
Kestvus: 01.03.2005-31.05.2007
Projekt: IBGMR05044
Finantseerija: EAS

18. Konserveerunud j?rjestuselementide detekteerimine eukarüootsetes genoomides v?rdleva genoomika abil
Kestvus: 01.01.2005-31.12.2006
Projekt: ETF6041
Programm: ETF 2005
Eesm?rk: K?esoleva projekti eesm?rk on konserveerunud funktsionaalsete j?rjestuste identifitseerimine inimese ja teiste imetajate genoomidest. Selliste j?rjestuste identifitseerimine aitab leida lisaks tavalistele geenidele ka RNA geene, promootoreid, transkriptsioonifaktorite seondumissaite ja muid regulaatorj?rjestusi. Eesm?rgi v?imalikult korrektseks saavutamiseks testitakse ja v?rreldakse olemasolevaid arvutusmeetodeid ning t?iendatakse neid. Konserveerunud funktsionaalsete alade leidmine uuritavates genoomides toimub kolmes etapis: sünteeniliste piirkondade joondamine, evolutsiooniliselt konserveerunud piirkondade m??ramine ja funktsionaalsete j?rjestuste identifitseerimine. Peamine r?hk on sünteeniliste alade korrektsel ja automaatsel leidmisel imetajate genoomide vahel kasutades ortoloogseid valke “ankrutena”. Leitud konserveerunud j?rjestused viiakse andmebaasi ja seotakse visualiseerimiseks UCSC genoomiandmete brauseriga, et lihtsustada teistel teadlastel andmete kasutamist. Meetodeid kontrollitakse esialgu 3-4 h?sti uuritud genoomi piirkonnas, kus on v?imalik kasutada eksperimentaalselt verifitseeritud positiivseid kontrolle. Seej?rel proovitakse arvutusmeetodeid efektiivsemaks muutes ja paralleliseerides rakendada uuritud meetodeid kogu genoomi uurimiseks.

19. SLIC-Biosensors in Molecular Diagnostics: Nanotechnology for the Analysis of species-specific Microbial Transcripts
Kestvus: 01.01.2005-31.12.2007
Programm: FP6
Eesm?rk: The development of the novel biosensor-based device for application in molecular diagnostics was based on combining two proprietary technologies, the SLIC-Nanobiosystem, the biosensor platform and RiboSEQ, a molecular target technology. The SLIC-Nanobiosystem consists of a self-assembled lipid bilayer membrane that integrates a synthetic ligand-gated ion channel (SLIC). The SLIC comprises a capture molecule that can specifically bind a given analyte, a process that is monitored via electrical impedance spectroscopy. It was shown recently that SLIC molecules can be designed to detect with high sensitivity antibody binding to antigens on a SLIC via modulation of the SLIC ion channel conductance [Angew. Chem. Int. Ed. 40, 1740-1743 (2001)]. With this system the effect from even a few channels can be resolved thus providing an ultra-sensitive, highly stable and versatile biosensor platform. The RiboSEQ platform based on the universal bacterial genomic target tmRNA encoded by the ssrA gene is a high copy number RNA target that has conserved and variable sequence signatures that can be exploited to develop nucleic acid tests with various levels of specificity for microbial identification. S. pneumoniae was selected as the model system for the development of the biosensor-based device. Additionally, it was envisaged that a novel sample preparation device that could be integrated with the biosensor to provide a homogenous assay format would be developed.

20. Inimese genoomi haplotüüpse struktuuri analüüs
Kestvus: 01.01.2004-31.12.2008
Projekt: SF0182649s04
Programm: SF 2004
Eesm?rk: K?esoleva teema peamiseks eesm?rgiks on inimese genoomi haplotüüpse struktuuri uurimine bioinformaatiliste meetoditega. Saadud teadmisi rakendatakse suuremahuliste assotsiatsiooniuuringute metoodika v?ljat??tamisel. Projektis kasutatakse avalikke genotüübi andmeid, aga ka uusi andmeid, mis on saadud koost??s erinevate partneritega (T? MRI, Sangeri Instituut, Müncheni Tehnikaülikool). Peamine r?hk on esialgu inimese genoomis asuvate haplotüübi blokkide modelleerimisel ja markerite valiku kriteeriumide v?ljat??tamisel. Markerid peaksid v?imalikult efektiivselt katma kogu uuritava piirkonna, kuid samas olema universaalsed, v?imaldades uuringuid l?bi viia erinevates populatsioonides. Püütakse leida ka haplotüübi blokkide seoseid erinevate genoomi elementidega (geenide asukoht, primaarj?rjestuses peituvad mustrid). J?rgnevatel aastatel arendatakse ka kontrollindiviidide valiku metoodikat arvestades populatsioonide varieeruvust.

21. IKT rakendamine k?rghariduses. Bioinfo klaster
Kestvus: 01.12.2003-01.04.2004
Projekt: SBGMR04008
Finantseerija: Eesti Infotehnoloogia Sihtasutus