Kaitstud l?put??d

Bioinformaatika ?ppetoolis kaitstud üli?pilaste l?put??d


Doktorit??d

Mikk Puustusmaa?-?On the origin of papillomavirus proteins?(Juh. Aare Abroi ja M. Remm), 2019

M?rt RoosaareK-mer based methods for the identification of bacteria and plasmids (Juh. M. Remm), 2018

Priit Palta – Computational methods for DNA copy number detection. (Juh. M. Remm), 2015

Silja Laht – Classification and identification of conopeptides using profile hidden Markov models and position-specific scoring matrices. (Juh. M. Remm), 2015

Lauris Kaplinski -?The application of oligonucleotide hybridization model for PCR and?microarray optimization. (Juh. M. Remm), 2013

T?nu Margus -??Distribution and phylogeny of the bacterial translational GTPases and the Mqsr/YgiT regulatory system. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2013

Triinu K?ressaar? – Improvement of PCR primer design for detection of prokaryotic species.?(Juh. M. Remm), 2012

Age Tats – Sequence motifs influencing the efficiency of translation.?(Juh. M.Remm ja T.Tenson), 2009

Reidar Andreson – Methods and software for predicting PCR failure rate in large genomes.?(Juh. M. Remm), 2008

Reedik M?gi – The linkage disequilibrium and the selection of genetic markers for association studies in European populations. (Juh. M. Remm),? 2007


Magistrit??d (3+2)

Siimo Kangruoja?-?Geneetiliselt muundatud taimede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kasutades kindla pikkusega k-meere. Juhendaja: Kairi Raime, 2020

Aneth Lvovs -?Endogeensete viiruslike elementide tuvastamine parameetriliste meetoditega bornaviiruse sarnaste elementide n?itel. Juhendaja: Aare Abroi, Heleri Kirsip, 2019

Erki Aun?-?K-meeridel po?hinev antibiootikumiresistentsuse markerite tuvastamine bakteris?Pseudomonas aeruginosa. Juhendaja: Age Brauer, 2017

Kaarel Koitne – Stabiilsete k-meeride hulga valimine mitteinvasiivseks sünnieelseks testimiseks. (Juh. L. Kaplinski), 2016

Mihkel Vaher – Bakteritüvede tuvastamine sekveneerimise toorlugemitest kindla pikkusega oligomeeride abil. (Juh. M. Roosaare), 2016

Fanny-Dhelia Pajuste – A novel method for detecting SNV genotypes from personal genome sequencing data. (Juh. M. Remm), 2015

Maarja Lepamets – PCR-i praimerite kvaliteedimudeli integreerimine Primer3-e disainimetoodikasse. (Juh. L. Kaplinski), 2015

Mikk Puustusmaa -?Papilloomiviirustes E8 valku kodeeriva ala tuvastamine in silico. (Juh. A. Abroi, M. Remm), 2014

M?rt Roosaare -?Valgudomeenide analüüs koonusteos Conus consors. (Juh. M. Remm), 2014

Viktorija Kuku?kina – Mereteo Conus consors geenide arvu ja struktuuri ennustamine?bioinformaatiliste meetoditega. (Juh. L. Kaplinski), 2013

Andres Veidenberg – DNA koopiaarvu m??ramine ja koopiaarvu muutuste p?randumise uurimine genotüpiseerimiskiipide andmete p?hjal. (Juh. P. Palta), 2009


Magistrit??d (4+2)

Taavi V?sumaa -Metoodika resekveneerimisproovide kvaliteedi ennustamiseks. (Juh. M. Remm), 2008

Rainis Venta – Uue inimese Sp perekonna geeni (LOC93349) iseloomustamine ja Sp ning AIRE geeniperekonna fülogeneetiline analüüs. (Juh. P. Peterson ja T. Margus), 2008

Priit Palta – Statistical methods for DNA copy-number detection. (Juh. M. Remm), 2007

Kessy Abarenkov – Seeneliikide m??ramine DNA triipkoodi meetodil ja tulemuste rakendamine biogeograafilises uurimust??s. (Juh. U. K?ljalg ja M. Remm), 2006

Age Tats – Nukleotiidide, koodonite ja aminohapete sagedused k?rge ekspressioonitasemega geenides. (Juh. M. Remm), 2006

Triinu K?ressaar – Polümeraasi ahelreaktsiooni modelleerimine DNA amplifitseerimiseks bakteriaalsetest genoomidest. (Juh. M. Remm), 2006

Reidar Andreson – Erinevate in silico meetodite v?rdlus PCR praimerite kvaliteedi parandamiseks. (Juh. M. Remm), 2002


Bakalaureuset??d (3+2)

Andrea J?esaar -?Spetsiifiliste ?k-?meeride leidmine inimesel toiduallergiat po?hjustavate loomaliikide ma?a?ramiseks. Juh. Reidar Andreson, 2020.

Kristina Kasvandik -?K-meeridel po?hinevad meetodid ja nende kasutamine kordusja?rjestuste maskeerimisel. Juhendaja Reidar Andreson, 2019.

Carmen Oroperv?-?Katvust mo?jutavate parameetrite hindamine. Juh. Fanny-Dhelia Pajuste, 2019.

Marlen Timm -?Inimese eksoomis leiduvate valguja?rjestust muutvate teadaolevate SNVde vo?imalik?tuvastamine ja genotu?u?bi ma?a?ramine sekveneerimisandmetest k-meeride abil. Juh. Age Brauer, 2018

Sylvia Krupp?-?Inimese genoomi suuruse ma?a?ramine k-meer metoodikaga. Juh. Tarmo Puurand, 2018.

Brigitta-Robin Raudne -?Erinevate to?o?voogude analu?u?s viiruste tuvastamisel. Juh. M.Puustusmaa ja M.Vaher, 2018.

Karl Erss -?Telomeeride keskmise pikkuse hindamine teise generatsiooni sekveneerimisandmetest. Juh. T.Puurand, 2017.

Anna Smertina – Inimgenoomi ühenukleotiidsete variatsioonide annotatsioon – ülevaade p?him?tetest ning teise p?lvkonna sekveneerimise v?imalike artefaktsete SNVde annoteerimine. Juh. U.Gerst Talas, 2016

Madis Sarapuu – Inimese Per3 geeni tandeemse korduse koopiaarvu m??ramine teise p?lvkonna sekveneerimisandmetest. Juh. T. Puurand, M.Teder-Laving, 2016

Triin Edula -?Raamj?rjestamise programmide v?rdlus eelnevalt kokkupandud genoomij?rjestuste alusel. Juh. R. Andreson, 2014

Maarja Lepamets?-?Oligomeeridel p?hinevate bioinformaatiliste?meetodite kasutamine bakterite m??ramiseks?sekveneerimislugemitest. Juh. L. Kaplinski, 2014

Maarja Lepamets -?Conus consors’i konopeptiidide geene ümbritsevate kordusj?rjestuste statistiline analüüs. Juh. M. Remm, M. M?ls, 2013

Kairit Kolsar – Katteseemnetaimede sekveneerimisprojektid ja genoomiduplikatsioonid taimede evolutsioonis. Juh. T. Puurand, 2011

Signe Kalamees – Mehepoolse viljatusega seotud geneetiliste markerite otsimine. Juh. T. Puurand, 2007

Priit Tomson – DNA mikrokiipidel kasutatavate oligote kvaliteeti m?jutavad parameetrid ja meetodid nende disainiks. Juh. R. Anderson, 2005

Heiko Kase – Markerite valiku metoodika assotsiatsioonianalüüsiks. Juh. R. M?gi, 2005

Taavi V?sumaa – Mikroorganismide identifitseerimine keskkonaproovides nukleiinhapete hübridiseerimise teel mikrokiipidel. Juh. M. Remm, 2004


Bakalaureuset??d (4+2)

Aleksander Sudakov – Genoomi signatuuri meetodi rakendamine horisontaalse geeniülekande detekteerimiseks. (Juh. T. Margus), 2006

Mikk Eelmets – Geenide ja eksonite piirie ja haplotüübi bloki piiride korrelatsioon. (Juh. M. Remm), 2006

Meelis Olev – Erinevate PCR praimerite grupeerimise efektiivsus. (Juh. L. Kaplinski), 2005

Helle Uibokand – Automatiseeritud PCR praimerite disain bakterite geenidele – genoomip?hine l?henemine. (Juh. T. Margus), 2005

Priit Palta – Hübridiseerimisproovide disaini metoodika geeni koopiaarvu m??ramiseks. (Juh. M. Remm), 2005

Kadi-Liina Kuusik – Automaatne PCR-i praimerite disain k?ikidele inimese genoomi SNP-dele. (Juh. M. Remm), 2004

Age Tats – Valkude translatsiooni m?jutavate mRNA motiivide bioinformaatiline analüüs. (Juh. T. Tenson ja M. Remm), 2004

Kessy Abarenkov – Liigispetsiifilised oligonukleotiidid resupinaatsete lehternahkiseliste ITS j?rjestuste p?hjal. (Juh. U. K?ljalg ja M. Remm), 2004

Triinu K?ressaar – Praimerite automaatne disain eukarüootide geenidele ja veebiinfosüsteemi loomine automaatseks online praimerite k?ttesaamiseks. (Juh. M. Remm), 2004